Pada sejarahnya, Sumatera ara terkhusus Tapanuli Selatan banyak melahirkan pemimpin-pemimpin bangsa dan tokoh-tokoh nasional. Dahulu Institut Pertanian Bogor (IPB) merupakan salah satu kampus terbaik di Indonesia yang merupakan salah satu kampus dengan peminat yang banyak di seluruh Indonesia. Namun, pada kenyataan yang ada pada tahun 1994 berdasarkan masukan Bapak Alm. Prof. DR. Andi Hakim Nasution yang pada saat itu adalah Rektor IPB, hanya 4 (empat) orang siswa yang diterima di IPB yang berasal dari Tapanuli Selatan. Dan data yang ada pada tahun 1994 menunjukkan mutu pendidikan Tapanuli Selatan berada pada urutan ke 2 (dua) terendah setelah Nias. Ditambah lagi dalam dua dekade terakhir lulusan SMA Tapanuli Selatan sangat jarang yang lulus Ujian Masuk Perguruan Tinggi Negeri (UMPTN), bahkan semakin tidak ada pada tahun-tahun terakhir. Keadaan tersebut tentu tidak dapat dibiarkan apalagi dikaitkan dengan sasaran Pembangunan Nasional Jangka Panjang Kedua, yaitu terciptanya kualitas manusia dan kualitas masyarakat Indonesia yang maju dan mandiri.
Kelemahan anak didik terletak pada kurangnya pemahaman dan penguasaan ilmu-ilmu yang pernah dipelajarinya, sehingga bekalnya sangat kurang untuk melanjutkan studi atau terjun ke masyarakat. Kelemahan bersumber pada faktor-faktor internal dan eksternal pendidikan. Faktor Internal meliputi tenaga pendidikan dan kurangnya sarana prasarana pendidikan. Faktor eksternal meliputi semangat belajar yang semakin melemah dilingkungan masyarakat luas.
Seiring dengan hal ini maka Bapak Alm. Letjen. H. Raja Inal Siregar yang merupakan mantan Gubernur Sumatera Utara yang memerintah pada tahun 1988-1998 melakukan pertemuan dengan beberapa tokoh yang memiliki kepedulian terhadap pendidikan di Kabupaten Tapanuli Selatan untuk bermusyawarah mencari solusi permasalahan pendidikan yang terjadi di Tapanuli Selatan ini. Hasilnya diambil salah satu gagasan untuk pembangunan sarana pendidikan berupa Sekolah Menengah Atas di lembah Gunung Sibualbuali yang terletak di Sipirok merupakan ibu kota Tapanuli Selatan hingga saat ini (2022). Pembangunan fisik sarana prasarana sekolah dimulai pada tahun 1994 di areal ± 11 Ha dan dengan pertimbangan untuk peningkatan mutu pendidikan serta iman dan taqwa siswa maka bangunan sekolah menyatu dengan asrama siswa yang berkapasitas 360 siswa, rumah guru 36 pintu serta sarana Ibadah dan Olah Raga.
Pada tahun 1995 sudah dimulai proses penerimaan siswa dan pelantikan Angkatan Pertama siswa baru pada bulan Juli 1995 dilakukan oleh Gubernur Sumatra Utara Bapak Alm. H. Raja Inal Siregar.
Kepala sekolah pertama SMA NEGERI 2 Plus Sipirok adalah Bapak Alm. H. M. Syarif Nasution yang bertugas hingga tahun 1997, sebelumnya adalah Kepala Sekolah SMA Negeri 1 Medan.
Untuk peningkatan proses belajar mengajar dilakukan pembenahan secara terus menerus terhadap kelengkapan sarana prasarana yang mendukung terhadap proses tersebut. Saat ini seluruh kelas telah dilengkapi Infocus dan Komputer sebagai kelengkapan mengajar para guru dan pengembangan sarana Laboratorium Biologi, Kimia, Fisika, IT dan Multimedia serta Laboratorium Bahasa. Disamping itu sekolah telah memiliki Web Site dan komplek kampus dilengkapi dengan Wifi untuk mendukung program E-learning. Berdasarkan penilaian dengan pengujian oleh BAN tingkat Provinsi maka SMA NEGERI 2 Plus Sipirok ini memperoleh akreditasi “A” pada tahun 2006 dan tahun 2010.Seiring dengan perkembangan kini SMA NEGERI 2 Plus Sipirok dalam proses Rintisan Sekolah Bertaraf Internasional (RSBI) sejak tahun 2006.
Banyak Generasi Emas terlahir di sekolah ini yang sekarang sudah menjadi sekolah rujukan untuk banyak sekolah lain dan merupakan model lembaga pendidikan yang unggul di daerah Tapanuli Selatan. Sekolah Menengah Atas SMUN 3 Sipirok (Dahulu) sudah berubah nama menjadi SMAN 2 Plus Sipirok berkat Prestasi yang diberikan baik dalam bidang akademik dan non akademik. Nilai Plus juga diambil dari karakter siswa yang sangat memiliki tata krama dan sopan santun sebagai didikan di SMAN 2 Plus Sipirok ini. Sejak 2006 lalu sekolah ini sudah dalam proses rintisan dengan sekolah bertaraf Internasional. Prestasi lainnya yang diberikan dari SMA Negeri 2 Plus Sipirok bukan hanya berasal dari siswanya yang sedang menempuh pendidikan didalamnya namun juga para alumni yang sudah lulus dari sekolah ini yang sudah banyak menduduki posisi baik dan menjabat di perusahaan-perusahaan terbaik di Indonesia bahkan luar negeri. Alumni dari SMAN 2 Plus Sipirok juga banyak melanjutkan study ke sekolah-sekolah yang berbasic militer sebagai Akademi Kepolisian, Akademi Militer, Tentara Nasional dan sebagainya yang sekarang alumi sudah banyak bekerja di dalam kemiliteran tersebut dari sabang hingga merauke. Dengan semangat Marsipature Hutana Be (Martabe) yang merupakan dedikasi dengan arti “Membangun Kampung Masing-Masing”. Harapannya adalah siswa yang bersekolah di SMAN 2 Plus Sipirok merupakan siswa yang ingin mencapai sekolah setinggi mungkin dan pulang untuk kembali dengan tujuan perbaikilah kampung masing-masing agar Sumatera Utara menjadi lebih unggul di dunia pendidikan. Karena semua dimulai dari membangun kampung masing-masing, sehingga terwujudlah daerah yang lebih baik.